Malheureusement, je n'ai pas trouvé de clé dans la base de registre Gnome pour pouvoir régler le délai d'ouverture. J'ai donc choisi de désactiver complètement la fonctionnalité.
Ça se fait soit avec dconf-editor, clé org.gnome.nautilus.preferences.open-folder-on-dnd-hover à mettre à false, soit (plus rapide) depuis la console directement, sous l'usager courant :
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gsettings set org.gnome.nautilus.preferences open-folder-on-dnd-hover false